機構は,環境とエネルギーを数理理論で結びつける共通分野としての「応用数理科学研究所」,エネルギーを中心とした環境エネルギーシステム全般を取り扱う「環境エネルギーシステム総合研究所」,資源循環やサーキュラーエコノミーについての研究を進める「環境・資源循環研究所」,環境やエネルギーをIoTで結びつける「アンビエントロニクス研究所」から構成されています.
それに加えて,「共創推進室」では,異分野連携を推進し,「地域連携室」,「国際連携室」では,地域や海外との連携を進めます.また,「環境エネルギー技術総合評価センター」では,評価指標の構築や具体的な製品評価等を進めます.大学発ベンチャー企業とも連携し,開発技術や社会システム,データの社会実装を進めていきます.