さまざまな領域を横断して学際的な研究を行うプロジェクト研究所の顔ぶれはきわめて多彩であり、先端科学技術の開発をはじめ、未来型社会システムの構築、教育・文化の発展に寄与するものなど、扱うテーマは多岐にわたっています。その数も制度が発足してからの10年間で百数十に達するまでになりました。
総合研究機構は、このように多種多様な研究所群の運営を統括することを目的として設置されました。運営委員会のもとでプロジェクト研究所の設置・廃止や外部資金の受け入れなどに関する調整業務を行うほか、各研究所が進める事業の支援、研究成果の公表、広報活動などを担っています。