学術院とは、密接な関係にある学部、大学院、研究所等の一体的運営を目指し2004年9月に導入された組織で、政治経済学術院は政治経済学部、大学院政治学研究科、経済学研究科、現代政治経済研究所から成っています。
この組織的基盤の上に、学部と大学院のつながりの強化、大学院2研究科間の教育・研究両面での連携、研究所の研究成果の教育への還元など積極的に進めています。高度専門職業人養成を目的とした公共経営研究科の実務にも精通した教員が学部の「演習」を担当し、学問の基本的スキルの向上を目指しながら、現代社会のアクチュアルな問題や政策提言を考える授業を展開しているのはその好例です。
(伝統的な大学院である政治学研究科、経済学研究科を担当する専任教員は全員学部の学科ないし教養・外国語部門に所属しています。)