Waseda Institute for Advanced Study (WIAS)早稲田大学 高等研究所

その他

福永 津嵩

名前

福永 津嵩(FUKUNAGA, Tsukasa)

取得学位

博士(理学)

資格

講師

HP (URL)

https://sites.google.com/site/fukunagatsu/

Monthly Spotlight

[Monthly Spotlight]は研究員にスポットをあて、研究内容とそのビジョンを毎月紹介していくコンテンツです。
機能未知遺伝子の機能を推定するソフトウエアの開発

研究テーマ

機械学習を用いた機能未知遺伝子機能推定手法の開発

ヒトの遺伝情報の総体であるヒトゲノムが解読されて15年以上経ちましたが、現在でも多くのヒト遺伝子は未だ機能がよくわかっていません。また現在ではヒト以外にも多数の生物のゲノムが決定されていますが、それらのゲノムにもやはり多くの機能未知遺伝子が含まれています。これらの機能未知遺伝子の機能を解明することは重要な研究課題ですが、あまりに数が多すぎるため、全ての遺伝子の機能を実験的に決定することは不可能であり、そのため情報科学の力を利用した遺伝子の機能推定が必要不可欠となっています。私は、機械学習法や文字列検索、統計モデルなどの手法を組み合わせることで、高速・高精度な遺伝子機能推定ソフトウェアの手法を確立することを目的に研究を進めています。

略歴

2021年4月- 早稲田大学高等研究所 講師

2017年10月-2021年3月 東京大学大学院情報理工学系研究科コンピュータ科学専攻 助教

2016年4月-2017年9月 早稲田大学理工学術院 学振特別研究員(PD)

2016年3月 東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻修了、博士(科学)

2011年3月 東京大学理学部生物情報科学科卒業

研究項目

バイオインフォマティクス、機能性RNA、ゲノム進化、確率モデル、機械学習

主な研究業績

・Koichi Mori, Haruka Ozaki and Tsukasa Fukunaga*. “MotiMul: A significant discriminative sequence motif discovery algorithm with multiple testing correction.” IEEE BIBM, 186-193, (2020)

・Shion Hosoda, Suguru Nishijima, Tsukasa Fukunaga, Masahira Hattori and Michiaki Hamada*. “Revealing the microbial assemblage structure in the human gut microbiome using latent Dirichlet allocation.” Microbiome, 8, 95, (2020)

・Hangchuan Shi, Yin Sun, Miao He, Xiong Yang, Michiaki Hamada, Tsukasa Fukunaga, Xiaoping Zhang* and Chawnshang Chang*. “Targeting the TR4 nuclear receptor-mediated lncTASR/AXL signaling with Tretinoin increases the Sunitnib sensitivity to better suppress the RCC progression.” Oncogene, 39, 530-545, (2020)

Tsukasa Fukunaga#, Junichi Iwakiri#, Yukiteru Ono and Michiaki Hamada*. “LncRRIsearch: a web server for lncRNA-RNA interaction prediction integrated with tissue-specific expression and subcellular localization data.” Frontiers in Genetics, 10, 462, (2019)

Tsukasa Fukunaga*and Michiaki Hamada*.  “RIblast: An ultrafast RNA-RNA interaction prediction system based on a seed-and-extension approach.” Bioinformatics, 33, 2658-2665., (2017)

Tsukasa Fukunaga* and Wataru Iwasaki*. “Inactivity periods and postural change speed can explain atypical postural change patterns of Caenorhabditis elegans mutants.” BMC Bioinformatics, 18, 46. (2017)

・Masaki Miya*, Yukuto Sato, Tsukasa Fukunaga, Tetsuya Sado, Jan Yde Poulsen, Keiichi Sato, Toshifumi Minamoto, Satoshi Yamamoto, Hiroki Yamanaka, Hitoshi Araki, Michio Kondo, and Wataru Iwasaki. “MiFish, a set of universal PCR primers for metabarcoding environmental DNA from fishes: Detection of >230 subtropical marine species.” Royal Society Open Science, 2, 150088. (2015)

Tsukasa Fukunaga*, Shoko Kubota, Shoji Oda, and Wataru Iwasaki*. “GroupTracker: Video Tracking System for Multiple Animals under Severe Occlusion.” Computational Biology and Chemistry, 57, 39-45. (2015)

Tsukasa Fukunaga*, Haruka Ozaki, Goro Terai, Kiyoshi Asai, Wataru Iwasaki, and Hisanori Kiryu. “CapR: revealing structural specificities of RNA-binding protein target recognition using CLIP-seq data.” Genome Biology, 15, R16. (2014)

・Wataru Iwasaki*, Tsukasa Fukunaga, Ryota Isagozawa, Koichiro Yamada, Yasunobu Maeda, Takashi P. Satoh, Tetsuya Sado, Kohji Mabuchi, Hirohiko Takeshima, Masaki Miya, and Mutsumi Nishida*. “MitoFish and MitoAnnotator: A Mitochondrial Genome Database of Fish with an Accurate and Automatic Annotation Pipeline.” Molecular Biology and Evolution, 30, 2531-2540. (2013)

趣味 関心

合唱、将棋、ボルダリング

所属学会

日本バイオインフォマティクス学会

受賞歴

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