先端科学・健康医療融合研究機構には以下の組織および関連研究機構があります。

事務局が中心となって本プロジェクトの運営を推進しており、生命医療工学インスティテュート、スーパー・オープン・ラボの組織の運営、先端科学・健康医療融合大学院（専攻）設立準備の活動を促進させると共に、他の関連研究機関、学内外の研究教育機関との強固な連携体制の構築を推進しています。

事務局内に設置されている戦略マネジメントセンターは、卓越したマーケティング機能とコンサルティング機能により研究成果の最適化を目指した「シナプス結合」を支援する役割を果たし、研究成果をキャッシュ・フローに展開するべく事業化構想を策定できる環境整備のために2005年4月に設置され、本プロジェクトの成果発信、知財管理・運用、産学連携、起業支援、戦略的広報、科学技術理解増進活動などを進めています。