早稲田大学は、2004年9月に新しい教員組織として「学術院」を設置しました。それ以前は独立した機関として位置付けられていた学部・研究科・研究所を、系統ごとに学術院として一体化し、より緊密な連携を可能とすることが目的でした。また、学術院の設置により、系統内の学部教育、大学院教育、研究機能の一層の強化だけでなく、学術院内の各箇所が一体となって管理運営上の様々な問題に柔軟に対応することや、系統ごとの主体的な教育研究活動の促進も期待されました。そしてこのたび、2009年4月より、それまで学術院に所属していなかった非系統独立研究科（アジア太平洋研究科、日本語教育研究科、国際情報通信研究科、情報生産システム研究科、法務研究科、環境・エネルギー研究科）もすべて学術院に加わったことで、学術院体制が完成しました。
学術院は、系統の大学院研究科・学部・研究所等の系統全体に係わる意思決定機関とし、全体を捕らえながら学術院教授会で十分審議し、学術院長がスピーディーに執行することが期待されています。
また、それを受けて教学会議の最高意思決定機関である学術院長会において、
1) 研究および教育に関する基本方針
2) 教則、大学学則、学部規則、および大学院規則等の制定、改廃および運用に関する事項
3) 大学の諮問事項
4) その他教務に関し必要と認められた事項
について議決されます。なお、細かな審議事項、例えば今まで学部教授会の審議事項であった各学部学生の教学事項等については、各学術院教授会や学部運営委員会に委ねられることになります。
学部長会、研究科長会（旧研究科委員長会）、研究所長会は規約上も「必要に応じて開催する」という表現に変更され、基本的には教学関連の意思決定については学術院長会で主として行われます。
これにより意思決定の迅速性に加えて、今までは多くの会議が行われていたところが 1つの会議で行われるため、会議の効率性だけではなく、事項についてじっくり掘り下げて議論できるようになります。
学部を基礎としない大学院研究科（アジア太平洋研究科、日本語教育研究科、公共経営研究科、国際情報通信研究科、情報生産システム研究科、法務研究科、ファイナンス研究科、会計研究科、環境・エネルギー研究科、教職研究科）を独立研究科と言います。2009年4月からすべての独立研究科は、いずれかの学術院に参加することになりましたが、全独立研究科に共通する重要事項を検討する会議体として独立研究科運営協議会が設置されています。