亞洲太平洋研究中心成立於1997年7月，其宗旨是於21世紀,為亞洲太平洋地區的共同發展及和平共處貢獻。

遠在一個世紀前，早稻田大學兼近代日本社會創始人的大隈重信提倡“東西文明之調和”以來，到2007年早稻田大學將迎接125週年，一直都秉承大隈重信的思想，為實現我們所謂的“Glocal Univercity”(是由“Global”與“local”兩個詞合在一起而創造的新詞)而努力。根據“與亞太共存”、“媒體網路交流”、和“終身學習”三個基本概念，不斷地進行改革。在這偉大的事業中，亞洲太平洋研究中心的建立佔有極重要的位置。

近年亞洲太平洋地區不斷地變化與迅速成長令人矚目，如此潮流下，亞洲太平洋研究中心將在亞太地區的教育、研究方面獲得成就，同時，致力於亞太地區的資訊向全球傳播。

亞洲太平洋研究中心，以原有的社會科學研究所與系統科學研究所為基礎而成立。社會科學研究所於1940年9月為研究現代日本的社會科學與亞洲地區而建立，一直積極地從事研究活動。系統科學研究所的前身是1956年為了專門研究生產效率而成立的研究所，後來改名為系統科學研究所，其目的也改為研究與製造系統，來為社會付出極大的貢獻。之後，該所跟工商界與官方建立合作關係，完成了多項受委託或共同的大規模研究課題。此外，係統科學研究所為社會成員提供終身學習的機會，如1961年為他們開設了夜間經營科學速成課程，後來還提供關於社會、經營、生產和其應用等方面的一年制全日課程。

社會科學研究所在培養學生解決問題能力和國際感覺，加深他們對地域研究的了解並取得一定的成效，系統科學研究所則為研究經營學，促使終身學習方面造出了一定的貢獻。亞洲太平洋研究中心為了將兩個研究所的成就與傳統合而為一，並求進一步發展，為對外開放的研究中心完成這些任務，並積極地解決日本社會在國內外所面臨的現實問題。